אראוי ונכון להתפלל מנחה בשבת ברוב עם, שמאחר שמוציאין ספר תורה, אין זה כבוד לספר תורה להוציאו במעט אנשים. ואומרים למנצח על הגיתית וגו', פטום הקטורת, אשרי יושבי ביתך, ובא לציון וגו'. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תיז].
בקודם פתיחת ההיכל אומרים פסוק "ואני תפלתי לך ה' עת רצון", ונהגו לאומרו מעומד. ומנהג הספרדים ועדות המזרח, שבשעה שאומרים "ואני תפלתי לך ה' עת רצון", בעת פתיחת ההיכל של המנחה בשבת, כופלים אותו ב' פעמים. וכן ראוי לנהוג על פי הסוד. [שם עמ' תיח].
גהנאנס ומתפלל ביחידות, או במקום שאין בו ספר תורה, בכל זאת אומר הפסוק ואני תפלתי.
דאף בבית האבל אין לדלג הפסוקים ואני תפלתי, כדי שלא להראות אבילות בפרהסיא בשבת. ורק האבלים עצמם שמתפללים בלחש, יכולים לדלג פסוקים אלה אם ירצו. [ילקוט יוסף על הלכות אבלות, מהדורת תשס"ד עמוד תקמו].
המוציאין ספר תורה ואומרים "בריך שמיה", וקורין בו ג' עולים, י' פסוקים לכל הפחות מהפרשה הבאה. ואין לפחות מג' עולים, אף אם השעה דחוקה לצבור. ואפילו אם חל יום טוב בשבת, קורין בפרשה הבאה, ולא בפרשת יום טוב. ואם טעה וקרא בפרשה אחרת, אין צריך לחזור ולקרוא. [ילקו"י שבת כרך א' עמ' תיט].
ואין אומרים קדיש אחר הקריאה בתורה, והמנהג בארץ ישראל שאחר קריאת התורה במנחה של שבת, אומרים מזמור שיר ליום השבת וכו'. ואחר כך אומרים חצי קדיש קודם תפלת העמידה של מנחה. ויש למנהג זה על מה לסמוך. [ילקו"י שבת כרך א' עמ' תכ].
זבתפלת מנחה אומרים "אתה אחד", ויש בו חמשים וארבע תיבות כמו בפרשת זכור את יום השבת לקדשו. ואיתא במדרש, שלשה מעידים זה על זה, הקדוש ברוך הוא ישראל והשבת. הקדוש ברוך הוא וישראל מעידים על השבת שהוא יום מנוחה. ישראל ושבת מעידים על הקדוש ברוך הוא שהוא אחד. הקדוש ברוך הוא ושבת מעידין על ישראל שהם יחידים באומות, ועל פי זה נתקן "אתה אחד". ונכון וראוי לומר "ומי כעמך כישראל גוי אחד בארץ", שכן כתוב בשמואל ב' (פרק ז), ולא כמו שכתוב בדברי הימים (פרק יז)"ומי כעמך ישראל". [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תכ. וראה שם בהערה אריכות אודות תפלת מנחה בשבת].
חכבר ביארנו לעיל שנכון יותר לומר בתפלת מנחה וינוחו בו. ומכל מקום הנוהגים לומר וינוחו בם, יש להם על מה שיסמוכו, אך צריך שיאמרו שבתות קדשך וינוחו בם, בלשון רבים. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמ' ריא, ועמ' תכב. ירחון קול תורה תמוז תשס"ג עמ' טז, ותשרי תשס"ד].
טבתפלת מנחה של שבת, אומרים ג' פסוקים של צידוק הדין, "צדקתך כהררי אל" וכו', "וצדקתך אלהים עד מרום" וכו', "צדקתך צדק לעולם" וכו', והוא כנגד שלשה צדיקים שנסתלקו מן העולם בשעה זו, והם יוסף הצדיק, ומשה רבינו, ואדונינו דוד המלך, ולכן תיקנו חז"ל לומר צידוק הדין באותה שעה. [רב שר שלום גאון]. וראוי לכל בעל נפש להאנח על מיתת הצדיקים בשעה זו. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תכב].
ימנהג האשכנזים לומר תחלה צדקתך צדק לעולם, ואחריו וצדקתך אלוקים וגו', ואחר כך צדקתך כהררי אל. אך מנהגינו כמנהג האר"י ז"ל לומר צדקתך כהררי אל, וצדקתך אלהים וגו', ולבסוף צדקתך צדק. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תכב סעיף ט'].
יאאם חל שבת ביום שאילו היה חול לא היו אומרים בו במנחה נפילת אפים, אין אומרים צדקתך צדק. ואם יש חתן או אבי הבן או סנדק בבית הכנסת, אומרים צדקתך, שרק אם עצם היום אין בו תחנונים, אין אומרים בו צדקתך צדק. ויש חולקים ואומרים שגם אם יש חתן או אבי הבן בבית הכנסת אין אומרים בו צדקתך צדק. ואין לעשות מזה מחלוקת. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תכג. וילקוט יוסף תפלה כרך ב' סימן קלא עמוד תלז].
יבאחר קדיש תתקבל אומרים מזמור "הללויה אודה את ה' בכל לבב", והטעם לאמירת מזמור זה, יש אומרים שהוא במקום ההפטרה שנהגו לומר בזמנים קדומים במנחה של שבת מתוך הכתובים, וכאשר בטלה אמירת ההפטרה התקינו לומר מזמור זה שבכתובים. ויש אומרים שמזמור זה בא במקום שיר של יום שהיו הלוים אומרים על הדוכן בקרבן מנחה של שבת. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד תכג סעיף יא].
יגמי שלא התפלל מנחה בשבת, ונזכר בסוף הזמן, ולפניו ב' מנינים, באחד הוא יכול לשמוע קריאת התורה [אבל לא להתפלל שם], ובשני תפלה בצבור, עדיף שישמע קריאת התורה ויתפלל ביחידות, וישתדל לכוין היטב בתפלתו. [ילקוט יוסף שבת א' מהדורת תשס"ד עמוד תריד].
ידאסור לשתות מים בין מנחה למעריב בשבת, שאז חוזרות הנשמות לגיהנם. וכל זה הוא דוקא במים שבנהרות, אבל שבבית מותר. וכל שכן שאר משקים שמותר. [ילקו"י שבת א' עמ' תכג].