איש אומרים שקודם הקדושה יש לכוין לקיים מצות עשה של "ונקדשתי בתוך בני ישראל". וכן דעת כמה מהרבנים המקובלים. אולם לדעת רבותינו הראשונים, אין מצות הקדושה אלא מדרבנן, והביאו חכמים אסמכתא למצוה זו מפסוק "ונקדשתי בתוך בני ישראל". והעיקר להלכה כדעת רבותינו הראשונים. וטוב שיכוין לקיים מצות קדושה, בלי לחשוב בדעתו אם היא מן התורה, או מדרבנן, והקב"ה יודע תעלומה יצטרף מחשבתו כפי הדין. [ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה א עמוד קצה].
במה שנוהגים שכל הקהל אומר בקול רם ובניגון את נוסח הקדושה "נקדישך ונעריצך", ועונים קדוש קדוש אחר השליח צבור, יש למנהג זה על מה לסמוך, וכן פשט המנהג בכל המקומות. [ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ב עמוד קצו].
גכאשר השליח צבור מגיע לקדוש קדוש קדוש, אם כל הצבור סיימו את תפלת הלחש, הנכון הוא שהשליח צבור יאמר פסוק זה עם כל הצבור ביחד, ואפילו אם קולו אינו נשמע. אך ישתדל להגביה את קולו מעט יותר מכל הקהל. אבל אם יש חלק מהצבור שעדיין מתפלל בתפלת שמונה עשרה, ומאזין לשליח צבור, על השליח צבור לומר פסוק זה, ופסוק ברוך כבוד ה', בקול רם, באופן שקולו יגבר על הקהל, והכל ישמעו את קולו. ואם קולו חלש, יאמר פסוק זה אחר שהצבור יסיים לאומרו, ובכל אופן צריך שיכוין להוציא ידי חובה את אותם שאינם יכולים לומר בעצמם את הקדושה. ומותר לומר קדושה ברם קול, כל שהרם קול בא רק להגברת הקול, אבל קול השליח צבור היה נשמע גם בלא הרם קול. [ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ג'].
דראוי לעצום את עיניו בעת אמירת הקדושה, ולישא עיניו כלפי מעלה. [שארית יוסף חלק ג עמוד קלו. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ד עמוד קצט].
הטוב לכוין רגליו זו אצל זו שיהיו כעין רגל אחת, גם בשעה שאומר קדושה עם השליח צבור. וטוב להחמיר לעמוד כך כשרגליו סמוכות זו לזו עד שהשליח צבור יסיים ברכת האל הקדוש. [שארית יוסף חלק ג עמוד קלז. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ה עמוד ר].
ונוהגים לדלג מעט ולהרים עקבו מן הקרקע כשאומר פסוק "קדוש" ופסוק "ברוך" ופסוק "ימלוך" בקדושה. וכשאומר פסוק "קדוש", ידלג שלש פעמים בכל פעם שאומר "קדוש". ויהיו כל שלשת הדילוגים שוים זה לזה, ולא ידלג באחד יותר מהשני. והדילוג היינו שירים מעט עקביו וגופו כלפי מעלה, וישא עיניו למרום. אבל לא יקפוץ ולא ידלג יותר מדי. [שארית יוסף חלק ג עמוד קלז. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ו עמוד ר].
זכשהשליח צבור אומר לעומתם משבחים ואומרים, או ובדברי קדשך כתוב לאמר, אל יאריך בהם, אלא ימהר לאומרם, שאם ימשוך בהם יש לחוש שהקהל יאמרו ברוך כבוד, וימלוך, קודם שיגמור. והוי כעין אמן יתומה. [שארית יוסף חלק ג עמוד קלז. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ז עמוד רב].
חמנהגינו פשוט לומר "נקדישךְ ונעריצךְ" הכ"ף סופית בניקוד שו"א, ולא בקמ"ץ. ואין לשנות לומר נקדישךֳ ונעריצךֳ הכ"ף סופית בקמ"ץ. [ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סי' קכה הע' ח עמ' רב].
טהמתפלל תפלת שמונה עשרה, והגיעו הציבור לקדושה, אינו רשאי לענות עמהם, אלא שותק ומכוין דעתו אל השליח ציבור, ויוצא ידי חובה, שהשומע כעונה. ונכון יותר שלא ידלג ברגליו עם הציבור כשאומרים פסוקי הקדושה. ומכל מקום היינו דוקא כשהשליח ציבור קבוע, ויודע שצריך לכוין להוציאם ידי חובתם בכל דבר שבקדושה, אבל השומע מפי שליח ציבור שעומד באקראי, ואינו בקי לכוין להוציא את אחרים ידי חובתם, אין תועלת בכך שיכוין לצאת ידי חובה, אלא ימשיך בתפלתו. ולכן נראה שאם השליח ציבור אומר הקדושה ביחד עם הקהל, וקולו לא ישמע, כי קולו נבלע עם הקהל, אין כל טעם שהיחיד ישתוק ויכוין לקדושה. ורק אם קול השליח ציבור גבוה, ונשמע מתחלה ועד סוף, ישתוק ויכוין אל השליח ציבור. [שארית יוסף חלק ג עמוד קלה. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קכה הערה ט עמוד רב].