אמאחר שההבדל בין האדם לבהמה היא הבינה והשכל, לפיכך קבעו חכמים ברכת "אתה חונן" בראש הברכות האמצעיות, וגם מפני שאם אין בינה אין תפלה. [ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קטו הערה א, עמוד סא].
בבנוסח ברכת אתה חונן יש אומרים "לאדם דעת" הלמ"ד בקמ"ץ, ויש שאומרים הלמ"ד בשוא. וצריך לומר "וחננו מאתך חכמה בינה ודעת", עם וא"ו, בין בחול בין במוצאי שבת.[ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קטו הערה ב, עמוד סב].
גשואל אדם צרכיו בתפלת שמונה עשרה, ולכן מי שתלמודו משתכח, יוסיף בקשה בברכת אתה חונן, קודם שיאמר וחננו מאתך וכו', ויאמר שם, יה"ר מלפניך ה' או"א שתחנני חכמה ובינה להבין עמקי סודות תורתך, וזכני לזכור את לימוד התורה, ללמוד וללמד לשמור ולעשות, וחננו וכו'. [שארית יוסף חלק ג עמוד קז. ילקוט יוסף מהדורת תשס"ד, תפלה כרך ב, סימן קטו הערה ג, עמוד סב].