אזמן תפלת מוסף לכתחלה עד סוף שבע שעות, ואם התפלל אותה אחר שבע שעות נקרא פושע, ואף על פי כן יצא ידי חובה, מפני שזמנה כל היום. ולכן אם עברו שבע שעות, עם כל זה יתפלל מוסף. ואם שכח ולא התפלל עד שעבר כל היום, אין לה תשלומין. ויש בה נשיאת כפים. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד דש. וראה עוד בשו"ת יביע אומר חלק ז' סימן נד].
בנוהגים לחלוץ את התפילין כשרוצים להתפלל מוסף. ויחלצום אחר אמירת חצי קדיש, ולא קודם הקדיש. ויש בזה סוד נשגב, וכן ראוי לנהוג. ומי ששכח לחלוץ את התפילין והתפלל עמהם מוסף, אינו צריך לחזור ולהתפלל מוסף. ואם נזכר בזה באמצע תפלת מוסף, יכסה את התפילין שבראשו בטלית שעליו. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד שה].
גהמניח תפילין של רבינו תם, יניחן קודם קריאת התורה, ואפשר להניחן בעת שאומרים בריך שמיה עם פתיחת ההיכל. ויקרא עמהן שתי פרשיות של קריאת שמע. ואותם הנוהגים להניח תפילין של רבינו תם אחר התפלה וללמוד עמהם, בראש חודש אין נכון לכתחלה להניחן אחר תפלת מוסף. אולם השליח צבור שאינו יכול לשהות בהנחת תפילין של רבינו תם, מפני טורח צבור, יכול להניחן אחר מוסף. וכן מי שהוא כבד פה, ואם יניח תפילין של רבינו תם לפני מוסף, יפסיד תפלה בצבור, רשאי להניחן בראש חודש לאחר מוסף. [יביע אומר חלק ג סימן ה].
דאף במקום שנהגו שאבי הבן והסנדק מניחין תפילין בשעת המילה, מכל מקום בראש חודש אין להניח תפילין, לאחר מוסף, דשב ואל תעשה עדיף. ויש שאוסרים בכלל להניח תפילין בשעת המילה. אך הנוהגים כן יש להם על מה שיסמוכו. [שו"ת יביע אומר ח"ג סי' ה אות ד', ושו"ת יחוה דעת חלק ו' סימן ו].
היש לעשות חזרה גם במוסף, ובקדושה אומרים "כתר", וכשמגיע למלוא כל הארץ כבודו אומר: לעמתם משבחים ואומרים, כמו בקדושת שחרית, ואחר שסיים חזרת התפלה אומר קדיש תתקבל, ואומר מזמור ברכי נפשי את ה' וכו', משום שנזכר בו עשה ירח למועדים. ואין אומרים תפלה לדוד הטה ה' אזנך. [ילקוט יוסף שבת ה' עמ' שז. ויחוה דעת חלק ה' סימן יב].
והמתפלל מוסף בראש חודש וכשהגיע למחיה המתים שמע קדושה של שחרית, לא יענה עמהם. וכן להיפך. והוא הדין בשבת. אולם המתפלל תפלת תשלומין בשחרית לתפלת ערבית, ושמע קדושה כשהגיע למחיה המתים, יענה עם הצבור. [שו"ת יביע אומר חלק ו' סי' כ אות ג'].
זהמנהג פשוט כשחל ראש חודש ביום חול אומר "את מוסף", וכשחל ראש חודש בשבת אומר "את מוספי", כדי להבדיל בין קדושה לקדושה. ואין לשנות מהמנהג. ואם טעה בשבת ואמר מוסף במקום מוספי, אינו חוזר. [יביע אומר חלק ד' סי' מח אות ב'. ילקוט יוסף שבת ה' עמו' תיז].
חמי שהתפלל מוסף בעל פה בראש חודש, וכשסיים "וברית אבות לבנים תזכור" התחיל יהי רצון מלפניך ה' אלקינו ואלקי אבותינו, ובמקום שיאמר שתעלנו וכו' סיים "שתחדש עלינו את החודש הזה וכו"' וחתם, וכשסיים תפלתו נזכר שלא אמר פסוקי מוסף, אינו צריך לחזור ולהתפלל מוסף, דספק ברכות להקל. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמ' שט].
טמי שטעה בראש חודש וחתם במוסף מקדש ישראל ויום הזכרון, או מקדש ישראל והזמנים, לא יצא ידי חובה, וחייב לחזור ולהתפלל מוסף. [יביע אומר חלק ד' סימן נא אות ט'].
יבשבת וראש חודש אין אומרים במוסף תכנת שבת, אלא יש לומר נוסח "אתה יצרת", כדי לפרסם שהוא ראש חודש. וחותמים מקדש השבת וישראל וראשי חודשים. ואם טעה וחתם מקדש השבת בלבד, יצא. אבל אם חתם בשל ר"ח בלבד, לא יצא. [ילקוט יוסף שבת א' עמו' שעד].
יאאם טעה בשבת וראש חודש והתפלל "תכנת שבת" וחתם מקדש השבת, נכון שיאמר ברצה [בלי חתימה]: ונעשה קרבנות חובותינו לפניך, תמידין כסדרן ומוספין כהלכתן, את מוסף יום ראש החודש הזה וכו', ואחר כך יאמר יעלה ויבוא, ואתה ברחמיך הרבים וכו'. ואם נזכר אחר שסיים תפלתו, והזכיר יעלה ויבוא ברצה, יבקש מהשליח צבור שיכוין עליו, ויכוין גם הוא לצאת ידי חובת תפלת מוסף, ויענה רק אמן אחר סיום הברכות. ואם התפלל ביחידות לא יחזור להתפלל מוסף, ויסמוך על מה שהזכיר ר"ח ברצה. [שם עמ' שעה. וילקו"י שבת ה' עמ' שיא].
יביש אומרים שבמוסף של שבת וראש חודש צריך לומר מעין החתימה סמוך לחתימה, ולכן צריך להוסיף: כי בעמך ישראל וכו', וחוקי ראשי חדשים וכו'. ויש חולקים. ואין לשנות בדבר זה מהמנהג. ואומרים ושירי דוד עבדך נשמע בעירך האמורים לפני מזבחך וכו'. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמ' שעה].
יגנשים פטורות מתפלת מוסף בראש חודש, אך טוב שתשמענה תפלת החזרה של מוסף מפי השליח צבור. ואם מתפללות מוסף אין למחות בידן, שיש להן על מה שיסמוכו. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד שע. ושו"ת יביע אומר חלק ב' סימן ו' אות ד'].
ידבשנה מעוברת מוסיפים במוסף "ולכפרת פשע". ואם שכח להוסיף זאת, אינו חוזר. ויש לומר תוספת זו עד ראש חודש אדר ב', ועד בכלל. אבל מראש חודש ניסן ואילך אין צריך להוסיף תיבות אלה. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד שיב, ועמוד תיח].
טויש אומרים שאין לומר במוסף של ראש חודש "את מוסף יום ראש החודש הזה", אך מנהגינו לומר תיבת הזה, ואין לשנות מהמנהג בזה. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד תיח].
טזבנוסח מוסף של ראש חודש יש האומרים: זכרון לכולם יהיה. ויש אומרים: זכרון לכולם יהיו, ויש אומרים זכרון לכולם היה, ויש סמך לכל הסברות הנ"ל. [ילקוט יוסף שבת ה' עמוד תיט].