אכל יום שיש בו מוסף אומרים קדיש תתקבל אחר ההלל, שהוא סיום תפלת שחרית. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד רחצ].
במוציאין ספר תורה וקוראים בו ד' גברי, אין פוחתין מהם ואין מוסיפין עליהם. ואין מפטירים בו בנביא. והיכא דאפשר נכון להשתדל לעלות לספר תורה בראש חודש, ואם ר"ח ב' ימים העלייה של יום שני דר"ח מעולה יותר מהיום הראשון. ומצוה להשתדל לעלות לספר תורה בראש חודש, עליית רביעי, ובלבד שלא יגרום למחלוקת. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמ' רצט].
גנכון לומר קודם הוצאת הספר תורה בראש חודש "בריך שמיה" במקום נוסח היהי רצון שבסידורים. ומכל מקום במקומות שנהגו לומר "יהי רצון", ואינם רוצים לשנות ממנהגם, ישארו במנהגם, ורק אם כל הקהל מסכימים יש להעדיף לומר "בריך שמיה", וכן יש להנהיג. [שו"ת יביע אומר חלק ה סימן ח' אות ד'].
דהכהן קורא שלשה פסוקים שהם וידבר, צו, ואמרת. ולוי חוזר וקורא ואמרת, וקורא את הכבש אחד, ועשירית האיפה. וישראל קורא עולת תמיד עד ובראשי חודשיכם, והרביעי קורא ובראשי חודשיכם עד הסוף. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמוד ש'].
הגם כשאין לוי בבית הכנסת, אין לשנות מן המנהג הפשוט שבקריאת הספר תורה, שבראש חודש בקריאה השניה מדלג לפסוק ואמרת להם. וכן יעשה הכהן שקורא במקום לוי. וכן עיקר להלכה, שהכהן עולה במקום לוי ומברך וקורא. [שו"ת יביע אומר חלק ו' סימן כה אות ד'].
ואחר קריאת התורה אומרים חצי קדיש, ומנהגינו על פי דעת האר"י ז"ל להחזיר את הספר תורה למקומו מיד אחר הקדיש, ואחר כך אומרים אשרי ובא לציון, ואין אומרים מזמור יענך ה' ביום צרה ומזמור תפלה לדוד, ואומרים "בית יעקב" ושיר של יום, ועומדים להתפלל תפלת מוסף. ויש נוהגים להחזיר את הספר תורה אחר אמירת אשרי יושבי ביתך, [כמו שנתבאר בשלחן ערוך]. [ילקוט יוסף שבת כרך ה' עמ' שא].
זראש חודש טבת שחל בימי החול, מוציאין ב' ספרי תורה, וקוראין שלשה עולים בספר תורה הראשון בפרשת ראש חודש. ואין השלישי אומר קדיש. והעולה הרביעי קורא בספר תורה השני, בפרשת הנשיאים, לחובת קריאת היום, והרביעי אומר קדיש. ואם טעה והתחיל הראשון לקרוא בספר תורה השני, יסיים קריאתו בענין חנוכה, והשלשה שאחריו יקראו בפרשת ראש חודש. ואם לאחר שבירך ברכת התורה פתח הספר ומצא של חנוכה, ועבר וגלל הספר תורה לקריאת ראש חודש, בדיעבד אינו חוזר לברך שנית, אלא אם כן דיבר בדברים שאינם מענין הקריאה. [שבת כרך ה' עמוד שב-ג].