אמוציאים שני ספרי תורה, ובראשון קוראים ששה בפרשת אחרי מות, ואם חל בשבת, קוראים בו שבעה. והמפטיר קורא בספר השני בפרשת פינחס, ובעשור לחודש השביעי הזה. ומפטיר בישעיה (נז)סולו סולו פנו דרך. וחותם בסוף ברכות ההפטרה, בא"י מלך מוחל וסולח לעונות עמו ישראל וכו' מלך על כל הארץ מקדש ישראל ויום הכפורים.
באם אחד מהעולים הוא מחלל שבת בפרהסיא, ומפני חשש איבה העלוהו לתורה, (בפרט במקומות שמוכרים את העליות), יוסיפו אחד כנגדו. ונכון לחזור על אותם פסוקים שעלה בהם המחלל שבת. אבל העוברים על שאר איסורי תורה לתיאבון כשרים להעלותם לספר תורה.
גחולה שיש בו סכנה, שאכל ביום הכפורים על פי הוראת הרופאים, פחות פחות מכשיעור, כדת, יכול לעלות לספר תורה ביום הכפורים, מפני שקריאת התורה ביום הכפורים אינה אלא בגלל קדושת היום, כמו בכל שבת ויום טוב. ולכן גם מי שאינו מתענה יוכל לעלות לס"ת. ועוד שמכיון שלא אכל אלא פחות פחות מכשיעור, שם תענית עליו, ורשאי לעלות לספר תורה אף במנחת יום הכפורים.[ילקו"י מועדים עמוד קח. חזון עובדיה ימים נוראים עמ' שמט. ומה שפסק מרן בש"ע (סי' תקסו ס"ו), דמי שאינו מתענה לא יעלה לס"ת, זהו בשאר תעניות].
דשליח צבור ותיק במשך עשרות בשנים, אשר לעת זקנתו חלש לבו, ועל פי הוראת הרופאים הוצרך לשתות ביום הכפורים כמה גלולות מרפא עם מים, פחות פחות מכשיעור, רשאי להמשיך להיות שליח צבור ביום הכפורים, כיון שלא שתה אלא פחות פחות מכשיעור. (שו"ת דברי שלום קרויז ח"ד סי' כה).
היש אומרים שאין ראוי לכתחלה להוסיף על העולים ביום הכפורים אפילו כשחל בשבת, ומכל מקום מנהגינו להוסיף על העולים ביום הכפורים אפילו כשחל בחול. ואין לפקפק על המנהג. אבל לא ירבו בעולים נוספים, כדי להתפלל מוסף בזמן. וקוראים ביום הכפורים בפרשת אחרי מות שני בני אהרן. [ילקו"י מועדים עמוד קט. חזו"ע ימים נוראים עמוד שמח].
ובברכות ההפטרה של יום הכפורים שחל בשבת, יש לומר "לקדושה ולמנוחה", ואפילו אם חל בחול אם אמרו אין צריך לחזור. וכן בברכת מעין שבע צריך לומר "אלהינו ואלהי אבותינו" כשחל בשבת. ויש לחתום בברכת ההפטרה מלך מוחל וסולח וכו'. [ילקוט יוסף מועדים עמוד קח. יביע אומר ח"א ס"ס לח. חזון עובדיה על ימים נוראים עמוד שמח]