אבמוצאי יום טוב, בין במוצאי יום טוב לחול ובין במוצאי יום טוב לחול המועד – מבדילין, משום דגם חול המועד – חול הוא לגבי יום טוב. ואומרים "אתה חוננתנו", וסדר ההבדלה כמו במוצאי שבת. ואף על גב דעתה לא שייך לומר "בין יום השביעי לששת ימי המעשה", מכל מקום סדר הבדלות כך הוא, והוא הולך ומונה סדר ההבדלה אף שעתה לא שייך זה. אבל אין מברכין לא על הנר, שהרי לא היה אסור ביום טוב בנר, ולא על הבשמים מפני שביום טוב ליכא נשמה יתירה. וזה שאין מברכין משבת ליום טוב על הבשמים – מפני שיש מאכלים טובים (מגן אברהם). ובסימן תע"ג נתבאר עוד בזה. ומי שנמשך סעודתו באחרון של פסח עד הלילה, והבדיל – מותר לאכול חמץ אף על פי שעדיין לא התפלל ערבית (מגן אברהם). דאין עניין חמץ לתפילה, וכיון שהוא לילה – מותר לאכול חמץ. אבל כשלא הבדיל – עדיין קדושת יום טוב עליו.
ביום טוב שחל להיות במוצאי שבת, אומר ב"אתה בחרתנו": "ותודיענו". ד"אתה חוננתנו" אי אפשר לומר שהרי אינו חול, אלא ששבת קודש חמור יותר מיום טוב, כמו שמסיימין בהבדלה בין "קודש לקודש". ובתפילה ליכא חתימה בהבדלה, לפיכך צריכין להקדים שגם יום טוב קודש, אלא ששבת קדוש יותר. ולזה אומרים "ותנחילנו זמני ששון ומועדי קודש… ותורישנו קדושת שבת, וכבוד מועד, וחגיגת הרגל". וזהו כעניין "המבדיל בין קודש לקודש". ובגמרא קראו לזה "מרגניתא טבא", לפי שבו מבואר רוממות מעלות ישראל והשבת ויום טוב.