אבראש חודש קוראים ארבעה עולים, ומנהגינו שכהן קורא בפרשת פנחס מפסוק וידבר ה' וגו' צו את בני ישראל וגו', עד "ליום עלה תמיד". והלוי חוזר על פסוק ואמרת להם ועוד שני פסוקים מהמשך הפרשה. ושלישי קורא מעלת תמיד עד עלת התמיד ונסכה, והרביעי קורא מ"ובראשי חדשיכם" עד יעשה ונסכו. וכשאין לוי בבית הכנסת קורא כהן במקום לוי, כנהוג בכל הפרשיות, ואף שחוזר לקרוא פסוק ואמרת להם וגו', אין בזה חשש ברכה לבטלה, שכן הוא המנהג פשוט. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רו].
במנהגינו להתחיל הקריאה ביום הראשון של חנוכה מפסוק "וידבר ה' אל משה וגו', והכהן קורא עד ויקריבו אותם לפני המשכן. ויש נוהגים שהכהן קורא עד סיום ברכת כהנים, ואף על פי שיש להם על מה לסמוך, נכון להודיעם שיותר טוב להמשיך עד לפני המשכן, ואם יסכימו לבטל מנהגם תבא עליהם ברכה. ואין צריך לומר שאם השליח צבור טעה וסיים לכהן ואני אברכם, וקפץ הכהן ובירך ברכה אחרונה שיצא, ואין מחזירין אותו. [ילקוט יוסף, ספר על הלכות קריאת ספר תורה עמוד רז].
גג ראש חודש טבת שחל בחול, מוציאין ב' ספרי תורה, בראשון קוראים שלשה בפרשת ראש חודש, והרביעי קורא בשני בפרשת נשיא היום, ואם טעה הראשון והתחיל בחנוכה, יסיים קריאת פרשת החנוכה, ויתר העולים שאחריו יקראו בפרשת ראש חודש. ואין אומרים קדיש בין ספר לספר, אלא אומרים חצי קדיש אחר העולה הרביעי. [ילקוט יוסף, ספר על הלכות קריאת ס"ת עמוד רח].
דבשבת שלפני ראש חודש אדר הסמוך לניסן, מוציאין ב' ספרי תורה, והמפטיר קורא בספר תורה השני בפרשת שקלים, בראש סדר כי תשא, מפני שבזמן בית המקדש היו משמיעים על השקלים באחד באדר, על ידי הכרזת בתי הדין בכל ערי ישראל, שכל אחד מישראל חייב לשקול מחצית השקל בשקל הקודש, ולהביאם לבית המקדש, כדי שיקריבו ממעות מחצית השקל אלו החל מיום ראש חודש ניסן והלאה, להקריב הקרבנות מתרומה חדשה. ואמרו חז"ל: גלוי וידוע לפני הקב"ה שעתיד המן לשקול שקלים על ישראל, כמו שנאמר: ועשרת אלפים ככר כסף אשקול על ידי עושי המלאכה, לפיכך הקדים שקליהם לשקליו. ולכן גם אנו קוראים בשבת זו פרשת שקלים. ואין קריאה זו אלא מדרבנן. ואם טעו וקראו פרשת שקלים בשבת הקודמת, צריך לחזור ולקרוא בשבת הסמוכה לראש חודש אדר. והוא הדין בכהאי גוונא בפרשת פרה. [ילקו"י שם, עמו' רח].
הבשבת שקלים מפטירים "ויכרות יהוידע" שמדובר שם בענין השקלים, שנאמר: כסף נפשות ערכו. ואם חל ראש חודש באחד בשבת, נוהגים לומר בסוף ההפטרה פסוק ראשון ואחרון של הפטרת מחר חודש. ובשבת שאחר ראש חודש, מפסיקים מלהוציא שני ספרי תורה, וקוראים בספר תורה אחד בלבד בפרשת השבוע. ורק אם חל ראש חודש אדר בשבת, שאז קוראים בו ביום פרשת שקלים, בשבת שאחריו קוראים פרשת זכור. [ילקוט יוסף, מועדים, עמוד רנו].
ובשבת שלפני פורים מוציאים שני ספרי תורה, והמפטיר קורא בספר שני פרשת זכור. ויש לדקדק בקריאת פרשה זו, שאין קריאתה חובת צבור בלבד, אלא חובת יחיד, וחיוב קריאתה מן התורה, ואין לקרוא עם השליח צבור את הקריאה מתוך החומש, אלא יש לשתוק ולהאזין לקריאה מפי השליח צבור הקורא מתוך ספר תורה כשר. [ילקוט יוסף, ח"ב, ספר על הלכות קריאת ס"ת עמ' רט].
זמותר להוסיף על העולים גם ביום טוב, שדוקא בימי חול או ראש חודש, חול המועד ותענית צבור, אין מוסיפים על העולים, אבל ביום טוב מותר להוסיף על חובת היום, וכן המנהג. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רי].
חשנה מעוברת שחל שמיני של פסח לבני חוץ לארץ בשבת, בני ארץ ישראל קוראים פרשת אחרי מות, ובני חוץ לארץ נפרדים מאתנו על ידי זה, עד פרשת מטות מסעי, שקוראים אותם בארץ ישראל מחוברין, ואין להקדים חיבור הפרשיות מיד על ידי קריאת פרשת אחרי מות קדושים, כמו שמחברין אותם בכל שנה פשוטה. [ילקוט יוסף, ח"ב, ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד ריא].
טאם חל יום טוב ראשון של פסח ביום שבת, ושביעי של פסח חל ביום שישי, בשבת שאחריו קוראים כאן פרשת השבוע, ובחוץ לארץ שהוא יום טוב שני של גלויות, קוראים בענין החג בפרשת כל בכור, ומי ששהה בחוץ לארץ וחזר אחר כך לארץ ישראל, ונמצא שהפסיד קריאת פרשה אחת, אם הצבור מוחלין על כבודם רשאי לקרוא כל הפרשה הקודמת שהפסיד בעליית ראשון (הכהן, או שיצא הכהן לחוץ והוא יעלה ראשון) עם שלשה פסוקים ראשונים מפרשת השבוע, ויתר העולים יקראו משם ואילך כסדר. [ילקוט יוסף, ספר על הלכות קריאת ספר תורה עמוד ריא].
יקללות שבפרשת בחוקותי ובפרשת כי תבוא, אין מפסיקין בהם אלא אחד קורא לכולם, ומתחילים בפסוקים שלפניהם, ומסיים בפסוקים שלאחריהם, והעולה לתורה מברך לפניה ולאחריה ככל העולים, ולכן מה שיש נוהגים שהשליח צבור קורא בפרשת התוכחה בלי ברכה לפניה ואחריה, עד שמשלימין שבעה עולים לחובת היום, מנהג זה מצוה לבטלו, אך צריך להודיעם על כך בניחותא, שעליהם לנהוג לפי הדין המבואר בחז"ל. [ילקוט יוסף, שם, עמוד ריב].
יאמנהגינו לקרוא פרשת התוכחה שבפרשת בחוקותי ובפרשת כי תבוא, בקול נמוך מעט, אבל צריך שיהיה קולו נשמע לצבור. ונהגו שהשליח צבור הקורא בתורה הוא עולה בעצמו לקריאת פרשת התוכחה. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד ריד].
יבאם נמצא טעות בספר תורה באמצע קריאת פרשת הקללות שבפרשת בחוקותי ובפרשת כי תבוא, אין לסיים את הקריאה בספר תורה פסול, וכל שכן שאין לברך ברכה אחרונה על הספר תורה הפסול. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד ריד].
יגכאשר קורין ב' פרשיות [כשהן מחוברים] יש לחבר הסידרות עם העולה הרביעי, ומכל מקום במקום צורך גדול, וכשרוצים להרבות עולים לספר תורה, יכולים לחבר הפרשיות גם בעליות מאוחרות יותר. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רטו].
ידבשבת פרשת האזינו קורין העולים לספר תורה בסדר הזי"ו ל"ך, דהיינו שהראשון קורא מ"האזינו השמים" עד "זכור ימות עולם", והשני קורא עד "ירכיבהו על", והשלישי קורא עד "וירא ה' וינאץ", והרביעי קורא עד "לו חכמו ישכילו", והחמישי קורא עד "כי אשא אל שמים ידי", והשישי קורא עד "ויבא משה", וגם בשבת במנחה ובשני וחמישי כשקוראים בפרשת האזינו יקראו שלשה עולים כסדר הזה. וכן מנהגינו. [ילקוט יוסף, ספר על הלכות קריאת ספר תורה עמוד רטו].
טומה שנוהגים להתפלל ולקרוא בתורה בציון קברי האבות בחברון, יש להם על מה שיסמוכו, ואין לאסור בזה משום מה שאמרו (ברכות יח.) שאין לקרוא בספר תורה בבית קברות, ושלא להלך עם תפילין בראשו, שמאחר ועושים כן לכבוד האבות הקדושים, והקבר הוא למטה במערה, אין בזה איסור. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רטז]..
טזאין לברך ברכות התורה במעמד זכר למעמד "הקהל" שיש עושים בזמן הזה, ואסור גם לברך ברכות התורה בדרך לימודו בש"ס ובפוסקים, כגון שיקרא בשם ומלכות את מטבע הברכות המובאים בש"ס ובפוסקים. שגם בזה יש איסור ברכה לבטלה. [ילקוט יוסף, חלק ב', שם, עמוד רטז].
יזהמנהג לעשות "מי שברך" לחולה בשבת, אף אם החולה נמצא במקום רחוק, ואף אם החולה גוסס. ומותר לעשות מי שברך בשבת גם על חולה שאין סכנה לחייו. ונהגו לומר בסיום ה"מי שברך" שבת היא מלזעוק ורפואה קרובה לבא. [ילקוט יוסף, חלק ב', שם, הלכות קריאת התורה עמוד ריז].