אאסור לאחוז בספר תורה בגוף הקלף או הגויל בלי מטפחת, בין כשגולל את הספר תורה בעת קריאת התורה בצבור, ובין כשגולל הספר תורה בינו לבין עצמו, והחמירו חכמים הרבה מאד בזה, ואמרו, שכל האוחז ספר תורה ערום בלי מטפחת נקבר ערום בלא אותה מצוה שעשה בעת אחיזתו, אם זו קריאה, או גלילה, וצריך להזהר מאד בזה. ולכן מנהגינו להניח מפה על הספר תורה, כדי שלא לאחוז בידים את גוף הספר תורה בעת שמברך, אלא בהפסק מטפחת. וכן נהגו בכמה בתי כנסת מקדמת דנא. וגם כשרוצה לגלול הספר תורה באמצע הקריאה, כדי להמשיך לקרוא בעמוד הבא, לא יגלול אלא במטפחת. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רא, ובהוספות ומילואים שבמהדורת תשס"ד, עמוד שפט].
באין המפטיר מתחיל לקרוא ההפטרה עד שיגמרו לגלול הספר תורה, כדי שלא יהיה הגולל טרוד ולא יוכל לשמוע קריאת ההפטרה. ולמנהגינו די בסגירת הספר תורה, ולהתחיל בהפטרה. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רב].
גביום שמוציאין שני ספרי תורה, לא יפתחו את הספר השני עד שיגללו הספר הראשון, או עד שיסגרו את הספר תורה הראשון. [ילקוט יוסף, ח"ב, ספר על הלכות קריאת התורה וביהכ"נ, עמוד רב].