אבמנחה של יום הכפורים מנהגינו להתחיל בפרשת העקדה. ומתעטפים בטלית בברכה, אלא אם כן מתחילים מנחה תוך חצי שעה מסיום המוסף והסליחות, שאז אינו מברך. [שאין לברך משום דסב"ל. אבל אם פשט טליתו ע"מ שיחזור ויתעטף בו לאחר יותר מחצי שעה, (ע' בשו"ת יביע אומר ח"ח סי' ב אות ו), צריך לחזור ולברך עליו. וכ"ש אם קיפל טליתו ונתנו בכיס הטלית, שמעשיו מראים שאין דעתו לחזור ולהתעטף בו מיד, והוי היסח הדעת, לפיכך חוזר לברך. וכן המנהג לברך על הטלית לפני המנחה].
בנוהגים לומר פרשת העקידה, ורבונו של עולם שלאחריה, עד אזכור והארץ אזכור.
גאחר פרשת העקידה מתחילים למנצח על הגיתית לבני קורח מזמור וכו'. ואומרים אשרי ובא לציון. [טור ושלחן ערוך סי' תרכב].
דמוציאים ספר תורה וקוראים בו שלשה בפרשת העריות (ויקרא יח. א) עד סוף הפרשה.
ההשלישי העולה לתורה הוא המפטיר, ולא יאמר קדיש בין קריאת ספר תורה להפטרה, אלא יאמרנו אחר ברכות ההפטרה. [ילקו"י מועדים עמ' קיא. חזו"ע ימים נוראים עמ' שנח.].
והשלישי מפטיר ביונה, ומסיים בפסוקי מי אל כמוך (מיכה ז יח-כ), ומברך לפני ההפטרה ולאחריה כדרך שמברך בשחרית. [ילקוט יוסף מועדים עמו' קי. חזון עובדיה ימים נוראים עמ' שנד]
זאין אומרים ואני תפלתי אפילו אם חל יום הכפורים בשבת. ולכן יש לדלג "ואני תפלתי" שבסוף יהי רצון שבמחזורים שאומרים בעת פתיחת ההיכל. [ילקוט יוסף מועדים עמו' קי. חזון עובדיה, עמוד שנה. והוא ע"פ המדרש, על פסוק (תהילים סט יג) ישיחו בי יושבי שער ונגינות שותי שכר].
חמפטירים ביונה, ואחר כך יחזירו הספר תורה למקומו, ויאמרו פסוקי יהללו, [ואם חל בשבת מזמור שיר ליום שבת], כדי שיוכלו לומר חצי קדיש קודם העמידה. [ההפטרה ביונה, היא כדי לעורר הלבבות לתשובה, שהרי אנשי נינוה נגזרה עליהם גזרה, ובזכות התשובה נתבטלה הגזרה].
טכהן שזכה בקניית עליית מפטיר של מנחת יום הכפורים, כי נכספה וגם כלתה נפשו לקרוא בהפטרת יונה, יש לו על מה שיסמוך שיעלה לעליית מפטיר, אחר שקראו כהן ולוי. ובלבד שיאמר השליח צבור, "ואף על פי שהוא כהן יעמוד למפטיר". [ילקו"י מועדים עמו' קיא].
יאחר ההפטרה מנהגינו לברך כל הברכות שנתקנו לאחר ההפטרה, ובכלל זה על התורה ועל העבודה וכו'. [ילקוט יוסף מועדים עמוד קיא. חזון עובדיה על ימים נוראים עמוד שנה, שס].
יאאין הכהנים נושאים כפיהם לברך ברכת כהנים במנחה. וכהן שעבר ועלה לדוכן לנשיאות כפים, כיון שעלה לא ירד, ושאר אחיו הכהנים, יצאו מבית הכנסת החוצה, ולא יעלו עמו. ואחר החזרה אומרים אבינו מלכנו (אפילו כשחל בשבת). [חזו"ע עמ' שס, שסא]
יבכשחל יום הכפורים בשבת אומרים אחר אבינו מלכנו "צדקתך צדק", כיון שהוא יום דין. והאשכנזים אין אומרים לא צדקתך ולא אבינו מלכנו. [ילקו"י מועדים. חזו"ע עמ' שסא].