אביצה שנולדה ביום טוב ראשון של ראש השנה אסורה גם בשני. וכן מה שנתלש בזה אסור בזה.[ילקוט יוסף מועדים עמוד סב].
בבליל שני של ראש השנה מתחילים תפלת ערבית בפיוט "חון תחון" ומתפללים כמו בלילה הראשונה. ואם חל במוצאי שבת, אומר בתפלה (אחר ושמך הגדול והקדוש עלינו קראת), "ותודיענו" (מרן בש"ע סי' תקצט). ואף על פי שעדיין לא בירך בורא מאורי האש מותר לו להתפלל מתוך הסידור. וכן פשט המנהג. ואם שכח לאומרו במקומו ונזכר קודם שחתם בא"י מקדש ישראל ויום הזכרון, אומרו שם ואחר כך חוזר קדשנו במצותיך וחותם. ואם שכח לגמרי לומר ותודיענו, ונזכר רק לאחר שסיים תפלתו, אין צריך לחזור, כיון שעתיד לומר הבדלה על הכוס. וכמו שפסק מרן. ואם שכח וטעם לפני הקידוש וההבדלה, צריך לחזור ולהתפלל, ובתפלתו יאמר "ותודיענו". [חזון עובדיה על ימים נוראים עמ' סה, צ.].
גהמנהג שנהגו להביא את הפירות והירקות שאומרים עליהם יהי רצון כנזכר לעיל, נוהג גם בלילה השני. [ילקוט יוסף מועדים עמוד סא].
דסדר הקידוש של ליל שני של ראש השנה שחל במוצ"ש, יין, קידוש, נר, הבדלה, זמן.
המנהגינו פשוט כדעת מרן השלחן ערוך לומר שהחיינו בקידוש ליל ב' דראש השנה, אף אם אין פרי חדש על השלחן, ואם אפשר לו להשיג פרי חדש או בגד חדש, טוב שיניחנו לפניו בעת הקידוש, ויכוין לפטרו בברכת שהחיינו. ואם לא נתן לא עיכב. [ילקוט יוסף מועדים הלכות ראש השנה. חזון עובדיה על ימים נוראים עמוד קסג].
ובקידוש בליל ראש השנה יסיים (כמו בתפלה), ודברך מלכנו אמת וקיים לעד, בא"י מלך על כל הארץ מקדש ישראל ויום הזכרון. ואחר כך יברך שהחיינו וקיימנו והגיענו לזמן הזה. ומנהגינו לומר לַזְמַן, הלמד בפתח. וכן מפורש בלקט יושר (עמוד קלא), שכן נהג הגאון מהרא"י. [ושלא כמ"ש המג"א ר"ס תרעו, שיש לומר לִזְּמַן הזה, הלמד בחיריק (רש"ל ומטה משה). וכ"כ בספר אקים את יצחק (ס"ס מז) שהמנהג לומר לַזְמַן, הלמ"ד בפתח. וכ"ה בשו"ת אבן ישראל ח"ט דף קכט.].
זיש מי שכתב, שיש להמנע משחיטת עופות בראש השנה, כי הנה בכל שחיטת בעלי חיים, יש צער של בעלי חיים ואכזריות, אלא שהתורה התירה, שנאמר וזבחת ואכלת וגו'. ומכל מקום ביום הדין ראש השנה שכולנו מבקשים רחמים מהקב"ה שיכנס לנו לפנים משורת הדין, נהגו להמנע משחיטת בעלי חיים, כי גם עלינו מוטל להתנהג ברחמים, כדכתיב ורחמיו על כל מעשיו. והנוהגים כן ירוחמו מן השמים. [חזון עובדיה יום טוב עמוד כ]. וכיו"ב נהגו לזרוק אל הגגות בני מעיים של עופות הכפרות בערב יוהכ"פ במקום שהעופות יכולים ליקח אותם. ומכל מקום לא פשט מנהג זה בכל המקומות. [כ"כ בארחות חיים החדש (סי' תצח סק"ג), בשם שואל ומשיב שגם בלבוב נהגו לשחוט בראש השנה].
חיש להזהר בקדושת יום טוב של ראש השנה שלא להכשל בעשיית מלאכה או שבות. [ילקוט יוסף מועדים עמוד סב. חזון עובדיה על ימים נוראים עמוד קפא]
טביום שני של ראש השנה שחרית אומרים פיוטים השייכים ליום השני. ואומרים אותם אחר קדיש תתקבל, כמו שנתבאר לעיל לגבי היום הראשון. [ילקוט יוסף מועדים עמוד סב].