אמה שיש נוהגים לחפור בכתלי בית הכנסת כדי לקבוע שם דף עץ (שקורין סטנדר), אין למחות בידם, שיש להם על מה לסמוך. ומכל מקום נכון יותר לקבוע דף זה מבלי לחקוק ולחפור בכותל בית הכנסת, אלא להדקו במסמרים אל הכותל. ומותר לנתוץ מעט מקיר בית הכנסת כדי לעשות שם איצטבא על מנת להניח שם את הסידורים. וכן מותר לסתור קיר בית כנסת כדי לעשות שם חלונות, ואף על פי שסותר שלא על מנת לבנות ולתקן את בית הכנסת, מכל מקום זהו תיקונו, שהרי אינו עושה להשחית, אלא עושה לצורך בית הכנסת וכבודו, ולכן יש להקל בזה. [ילקו"י, שם, עמוד רפג].
במה שנוהגים בכמה בתי כנסת לנתוץ בכתלי בית הכנסת חריצים ובקיעים כדי להכניס שם טבלאות של שיש ועץ, המנציחים את התורמים, יש להם על מה שיסמוכו, ואין לאסור בזה משום נתיצת בית כנסת. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד רפד].
גבית כנסת שנהרס על ידי השלטונות, והקרקע עדיין מוחזקת בידי היהודים, ואין באפשרותם לבנותו, וגם הממשלה אינה מסכימה שימכרו הקרקע, יש להתיר להשכיר הקרקע של בית הכנסת על ידי שבעה טובי העיר במעמד אנשי העיר, לצורך הקמת חנייה לכלי רכב, באופן שישלמו להם דמי השכירות מראש, והשכירות תיעשה על ידי שבעה אנשי העיר, ובדמי השכירות יקנו דברים שבקדושה, ספרי תורה וסידורי תפלה וחומשים, וכיו"ב. [שו"ת יביע אומר חלק ח' חאו"ח סימן טז].
דבית כנסת שנכנסו לתוכו גוים וחיללוהו, והוציאו את כל ספרי התורה מארון הקודש, והניחו דמות אותו האיש שר"י, ואחר כך גברה יד ישראל, מותר לחזור ולהתפלל במקום זה לאחר שיסירו את אותה דמות שנקבעה שם. ולרווחא דמילתא לפני שיתחילו להשתמש בבית הכנסת ובארון הקודש יסיידו ויצבעו הכל מחדש, ויאמרו במפורש שהם חוזרים ומקדישים את בית הכנסת לשם ה' הגדול והנורא. ורק לאחר מכן יחזירו עטרה ליושנה לחנוך את בית הכנסת ואת ארון הקודש בתפלות ובתחנונים, ואת ספרי התורה יכניסו להיכל הקודש בקול רנה ותודה המון חוגג, ולהודות לה' יתברך על כל תגמולוהי עלינו. ומה טוב ומה נעים אם יוזמנו תלמידי חכמים אנשי שם שיש להם מענה לשון אשר יעוררו את העם להתחזק בתורה ובמצוות ובנתינת צדקה לעניים למוסדות תורה וחסד. [ילקו"י ח"ב שם, בהוספות ומילואים, מהדורת תשס"ד, עמוד שצח. שאר"י חלק ג' עמוד רעט].
הבית כנסת שנתרבו בו המתפללים ונעשה צר מלהכיל את כל המתפללים, ורוצים להרוס את אחד הקירות הפנימיים של בית הכנסת, כדי להרחיב את אולם בית הכנסת ולחברו עם הפרוזדור, אין בזה כל חשש של נתיצה, ומותר לעשות כן. ואם אפשר יבנו מתחלה את הקיר החדש, ואחר כך יהרסו את הקיים. [ילקוט יוסף, חלק ב', על הלכות בית הכנסת וקס"ת עמוד רפה].
ובית כנסת שנתרבו בו המתפללים, ונעשה צר מלהכיל את כל הבאים, מותר להרחיב את בית הכנסת במקום שהיה מקודם בית הכסא, מאחר ועוקרים הכסא, ומבטלים את מקום הכסא לגמרי, ואין ניכר עוד מקום בית הכסא כלל. [ילקוט יוסף, חלק ב', על הלכות בית הכנסת וקס"ת עמוד רפו].
זמותר לסתור מכותל בית הכנסת כדי לעשות חלונות בכותל, לתועלת המתפללים, ובכדי שיבא להם אורה ויוכלו להתפלל בהרחבת הדעת, ואין בזה איסור נתיצה כלל. וכן מותר לעשות חלונות בכותל בית הכנסת לעזרת הנשים. וצריכים לבנות סביב החלונות בצורה יפה, ולא ישאר כך פגום, שאין זה כבוד בית הכנסת. [ילקוט יוסף, חלק ב', הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד רפז].
חבית כנסת שיש שני חלונות בכותל הדרומי שלו, והקיר מפסיק בין חלון לחלון, וגבאי ביהכ"נ רוצים לסתור את הקיר אשר באמצע החלונות, ולחבר שני החלונות ביחד, שיהיו חלון אחד רחב, כדי להרבות האורה, וגם לתוספת אויר, לצבור המתפללים, יש להתיר לעשות כן. [שו"ת יביע אומר ח"ט (סי' יז), ושם רמז להט"ז (סי' קנא סק"ג), שכתב שאף נתיצה בבהכ"נ לצורך, אסור, ע"כ. ולפ"ז גם בנ"ד יש להחמיר. אולם רבו האחרונים החולקים בזה על דברי הט"ז, ובראשם הא"ר (ס"ס קנב), והיעב"ץ במור וקציעה (סי' קנא) והמאמר מרדכי (סי' קנב סק"ה). ובספר נזירות שמשון (סי' קנא). ובבית מאיר (סי' קנא). ובאור שמח (בפ"ה מהל' מזוזה ה"א) ובשו"ת אבני נזר (סי' לג אות ג). ובשו"ת כוכב מיעקב (סי' עד) והמהר"ש ענגיל ח"ג (ס"ס פח). ובחלקת יואב (חאו"ח ס"ס ד). ע"ש].